Daerah pelabuhan yang menjadi tanggung jawab PTB dibagi menjadi dua bagian, yaitu wilayah Muara Jawa dan Muara Berau.
Bumi Laut Biru bertujuan untuk memperlancar operasi dari pelabuhan Muara Jawa dan Muara Berau untuk membantu kapal / tongkang-tongkang muatan batubara, bersandar dan lepas sandar ke kapal induk serta memandu menempatkan kapal induk berlabuh jangkar yang aman dengan respon yang cepat jika terjadi kebakaran atau polusi.
Pelabuhan Muara Jawa dan Muara Berau adalah kawasan lindung, dijaga oleh tim keamanan (security) yyang berpengalaman dan siap untuk berdiri selama 24 jam dalam sehari di Muara Berau dan Muara Jawa dan bekerja sama dengan Polisi Air Laut dan KPLP setempat. Sehingga kedatangan penyusup dapat dideteksi dan dicegah sebelum daerah pelabuhan mendakati. Menurut hukum Indonesia pada perlindungan lingkungan, tidak ada minyak, batu bara, atau limbah minyak campuran diperbolehkan untuk dibuang ke wilayah pelabuhan.
